A sede é uma edificação construída na década de 1930. No local já funcionou o Cine Éden, o Clube Elite, uma agência do Banco do Brasil, o Banco do Estado do Piauí, a Escola do Comércio e finalmente, em 1987, na gestão do prefeito Luiz Menezes, passou a ser sede do museu.

No final da década de 2000, esteve fechado ao público por alguns anos, sendo reinaugurado em 2016, após uma ampla reforma em sua estrutura. No presente momento, o Museu Perypery tem cumprido sua funcionalidade para com a cidade e visitantes.